pH הוא מדד לקביעת ריכוז יוני הידרוניום (${\displaystyle H^{+}}$) בתמיסה. כל חומצה אמינית משמשות כחומצה (משחררות H) וכבסיס (קושרות H). באופן כללי, כאשר :

• pH חומצי – יש הרבה מימנים (H). כלומר המבנה של החומצה האמינית יהיה:
  • קבוצה קרבוקסילית תראה כך : ${\displaystyle COOH}$.
  • קבוצה אמינית תראה כך : ${\displaystyle NH_{3}^{+}}$.
• pH בסיס – יש מעט מימנים. כלומר המבנה של החומצה האמינית יהיה:
  • קבוצה קרבוקסילית תראה כך : ${\displaystyle COO^{-}}$.
  • קבוצה אמינית תראה כך : ${\displaystyle NH_{2}}$.

קובץ:Amino acids pH higher than 7.JPG		קובץ:Amino acids pH less than 7.JPG
סביבה בסיסית	סביבה נטרלית	סביבה חומצית
מעט ${\displaystyle H+}$	נטרלי	הרבה ${\displaystyle H+}$
חומצה אמינית מתנהגת כחומצה.	חומצה אמינית מתנהגת פעם כחומצה ופעם כבסיס. כלומר, היא ציווטריון, יון כפול; 2 הקבוצות טעונות בטורות.	חומצה אמינית מתנהגת כבסיס.

• pI = pH אופטימלי = pH איזו אלקטרי – ה-pH בו ערך כלל המטענים בחומצה האמינית שווים לאפס. לכל חומצה pI משלה. כאשר :
  • ${\displaystyle pH>pI}$ - החומצה שלילית.
  • ${\displaystyle pH<pI}$ - החומצה חיובית.
  • ${\displaystyle pH=pI}$ - כלל המטענים בחומצה שווים לאפס.
• pH פיזיולוגי - pH שקיים בגוף, נקבע כ-7.4.

• PKa – ערך ה-pH בו 50% מהמולקולות טעון בקבוצה קרבוקסילית ו-50% לא.

• PKb – ערך ה-pH בו 50% מהמולקולות טעון בקבוצה האמינית ו-50% לא.
• PKR – ערך ה-pH בו 50% מחומצות האמינו בשייר טעונות ו-50% לא.
• PI – ערך כלל המטענים שווה לאפס.

1. חומצות שאינן מתיינות (אין מטענים) בכלל :${\displaystyle PI={\frac {(pk_{a}+pk_{b})}{2}}}$
2. חומצות אמינו שמתיינות בקבוצה קרבוקסילית (גלוטמית ואספרטית) : ${\displaystyle PI={\frac {(pk_{a}+pk_{R})}{2}}}$
3. חומצות אמינו שמתיינות בקבוצה האמינית (לאה – ליזין, ארגנין והיסטדין) : ${\displaystyle PI={\frac {(Pk_{b}+PK_{R})}{2}}}$
4. ח.א שמתיינות באופן שונה (ציסטאין וטירוזין) : ${\displaystyle PI={\frac {(PK_{a}+PK_{R})}{2}}}$

• תרגול - מטענים